高中历史新课程采用专题式体例，从历史学科来讲,这种体例吸取了古代纪事本末体裁之长，保留了章节体史书的形式，将历史的主体内容整合为政治、经济、思想文化三个必修模块、六个选修模块。这一体例避免了与初中历史的重复，变换了认识历史问题的角度，拓宽了学习历史的广度和深度，在一定程度上有利于教学方式的转变，有一定的时代性和创新性。但是，问题也就出在课程内容的设计上！
首先，课程内容破坏了历史的内在逻辑体系，造成了时序上的混乱。历史的时序性特别强，将同时期密切关联的政治、经济和思想文化内容人为地割裂开来，造成时序上的混乱和颠倒，内容上的交叉重复，这是高中新课程内容的最大问题。例如，新课标旧人教版必修一的第二单元和第三单元在时序上就出现了混乱，将抗日战争放到了太平天国、辛亥革命和国民大革命之前；而抗日战争既属反抗侵略的斗争，又属于民主革命的一部分，教材又将抗日战争分为两部分。必修二（新人教版）第一单元讲“古代中国经济的基本结构与特点”，按理说应该接着叙述近代中国经济结构的变动与资本主义的曲折发展，但是，却被第二单元“资本主义世界市场的形成和发展”隔断。新人教版必修二第二单元第7、第8课叙述前两次工业革命，新人教版必修三第四单元第13课从蒸汽机到互联网，又叙述同样的知识，人类历史上三次重要的工业革命，放在不同的地方叙述，而第三次工业革命仅仅叙述了信息技术这一点，而实际上哪一次工业革命都没有叙述完整。诸如此类的问题还有很多。
其次，课程内容破坏了历史的整体性。历史现象存在着客观的内在逻辑关系，每个历史现象都不是孤立存在的。社会是由政治、经济、文化三部分组成的，某一重大历史事件、历史人物往往涉及到政治、经济和文化的方方面面。例如，中国历代政治制度都与当时的社会、文化、经济、军事、民族、宗教的背景密不可分，而新课程人为地割裂了政治、经济、文化之间的内在联系，破坏了历史时序上的纵向联系和彼此之间的横向联系。按课标要求，十一届三中全会的内容在必修二“从计划经济到市场经济”之中，在必修三“新时期的理论探索”中又重复，到选修四“中国改革开放和现代化建设的总设计师邓小平”再次重复，但是，没有哪处完整介绍十一届三中全会。政治、经济、文化三个板块的设计思路把这样重要的内容也一分为三，问题是设计者自己造成的。
第三、弱化了新旧知识之间的联系。学习的过程是循序渐进的，前后知识要有一定传承和铺垫，专题之间必须有渐进性。高中新课程的专题划分缺乏关联性，如必修一，专题“古代中国的政治制度”，与专题“古代希腊罗马的政治制度”，二者之间没有本质的联系，是要求对比吗？对比的结论怎么说？
第四、学生的学习难度加大。高中历史课程标准的研制,是建立在对初中历史教学理想化评估之上的。实际上，初中学生并不能系统地掌握历史知识，他们的认知能力达不到理想化的程度，因此也不可能具备学习高中专题的知识基础。高中专题模块的设计与初中不对应，有些问题拓展得过深，没有必要。新课标说：“改变课程内容‘难、繁、偏、旧’和过于注重书本知识的现状”，就其中的“难”来说，新课标不是自己打自己的嘴巴吗？与原来的教学大纲相比，两者哪个难？明眼人一看便知。
第五、学生课业负担毫无意义的加重。以
历史人物为例，如孙中山，必修一第四单元第13课辛亥革命讲到他,必修三第六单元三民主义的形成和发展又讲到他,选修四第四单元第1课中国民主革命的先行者孙中山又重复讲到。这样重复毫无意义，学生课业负担加重了，学习兴趣也随之减弱。
至于新课标说：“改变课程过于注重知识传授的倾向，强调形成积极主动的学习态度，是获得基础知识与基本技能的过程同时成为学会学习和形成正确价值观的过程。”就“改变课程过于注重知识传授的倾向”这一句话来说，难道现在的新课标就不注重向学生传授知识了吗？我们知道，信息时代的知识经济是以人对知识的拥有、开发、利用作为经济发展的推动力；信息时代的社会发展是以人的信息获取能力、运用能力和创造能力的提升作为人类进步的主要标志。知识技术的传授是基础和引子，在这个基础上,去培养人的分析、判断、解决问题的思维方式、学科素质和研究创新的意识与能力，以及现代人的全面素质。教师的任务是指导学生如何掌握丰富的知识技术、提高自身的学习能力、养成必备的素质，学习者的任务是自主地去努力发现自己的方法，并找到深入知识领域的方向。所有这些都需要首先掌握知识，怎么能说不注重知识的传授呢？就“强调形成积极主动的学习态度”这一句话来说，新课标实施前，难道学生是被动学习态度吗？当今社会竞争太激烈，就业形势太严峻，一个岗位往往有几十人甚至于几百人去竞争，即使不实施新课标，学生的学习态度都是积极主动的。因为这是高考制度存在的因素，只要高考制度存在，竞争就存在，因为高考是选拨性考试。所以说，只有目前这种高考制度存在一天，就不存在什么主动被动的学习态度什么的。
综上所述，高中历史新课程存在诸多问题，我们要如同否定“文化大革命”那样否定高中历史新课程，因为文化大革命给国家带来混乱，同样，高中历史新课程也给高中历史教学带来了混乱，原本系统完整的历史体系被“折腾”得支离破碎、面目全非。说否定也不是彻底否定它，因为我们要把“文化大革命”与“文化大革命时期”严格区分开来，因为在文化大革命期间，我国农业还是稳步前进的，国防科技取得一定成就，外交取得三大突破，农业水利基本建设取得重大成就，诚然如果不是“文化大革命”，我国经济社会发展会取得更大进步。那就是说也不能彻底否定高中历史新课程，因为它在某些方面还是有所突破的，如必修二中国近现代社会生活的变迁、战后资本主义的新变化等。我们期待着编出新的编年体史书。